Jurusan Teknologi Laboratorium Medis memiliki Program Studi D-III Teknologi Laboratorium Medis dan Program Studi Sarjana Terapan Teknologi Laboratorium Medis
Jurusan Gizi Poltekkes Kemenkes Yogyakarta saat ini memiliki tiga program studi, yaitu Program Studi Diploma III Gizi, Program Studi Sarjana Terapan Gizi dan Dietetika, dan Program Studi Pendidikan Profesi Dietisien
Jurusan Kebidanan Poltekkes Kemenkes Yogyakarta saat ini memiliki empat Program Studi, yaitu Program Studi Diploma III Kebidanan, Program Studi Sarjana Terapan Kebidanan, Program Studi Profesi Bidan, dan Program Studi Rekam Medis dan Informasi Kesehatan
Jurusan Keperawatan terdiri dari 4 Program Studi, yaitu Program Studi Diploma III Keperawatan, Program Studi Sarjana Terapan Keperawatan, Program Studi Pendidikan Profesi Ners, dan Program Studi Sarjana Terapan Keperawatan Anestesiologi
Jurusan Kesehatan Gigi memiliki Program Studi Diploma III Kesehatan Gigi dan Program Studi Sarjana Terapan Terapi Gigi
Jurusan Kesehatan Lingkungan memilki Program Studi Diploma III Sanitasi dan Program Studi Sarjana Terapan Sanitasi Lingkungan